Há devilspie (ou a versão da GUI, gdevilspie ). Ambas as versões são instaláveis a partir do Centro de Software e permitem que você defina regras alterando (entre outras coisas) o tamanho e a posição das janelas correspondentes. O wiki da comunidade pode começar a usá-los.
Se você estiver usando o Unity (e, portanto, o Compiz), há o plug-in Window Matching , que essencialmente faz a mesma coisa. Para acessá-lo, instale o pacote compizconfig-settings-manager e inicie o CCSM. Se você não conseguir encontrar o plugin Window Matching, certifique-se de que o compiz-plugins esteja instalado.