Eu tenho usado o MySQL em combinação com o MySQL Workbench desde que o MySQL Workbench exista. Para mim, tem sido a ferramenta para usar. Quando o Workbench está me dando problemas, é ME que o iniciou (fazendo uma instrução SQL que digamos o MySQL).
O MySQL Workbench é rápido, mas não é leve. É simples em lay-out, mas o SQL criado com ele pode ser mais difícil (mas isso não é culpa do Workbench). Eu posso travar meu servidor com uma tabela mal criada, onde o SQL precisa combinar milhões e milhões de registros. Mas nenhuma ferramenta vai impedir isso e, novamente, dificilmente é o Workbench que eu posso culpar.
Eu sugiro dar um julgamento justo ao Workbench.