Não há necessidade de gerenciar, monitorar ou limpar o cache do Linux manualmente durante as operações normais, e nenhum benefício de desempenho em fazê-lo.
O objetivo do cache é armazenar os dados acessados recentemente do disco para que as tentativas subsequentes de leitura sejam concluídas mais rapidamente. É por isso que carregar um documento grande é normalmente muito mais rápido na segunda vez. No entanto, a memória ainda é considerada "livre" pelo Linux e pode ser reutilizada instantaneamente se houver necessidade de mais memória (por exemplo, você carrega um novo programa ou documento), portanto, limpar o cache não consegue nada. O controle drop_caches está lá para ajudar os desenvolvedores no benchmarking e nos testes, não para usuários comuns.
Não é possível dizer o que está causando o carregamento lento do programa sem mais informações, mas quase certamente não tem nada a ver com o cache. Baixo desempenho de disco ou a presença de outros processos intensivos em disco ou CPU são possíveis culpados.