Sim, não há problema em fazê-lo, a menos que você esteja executando algum software que requer especificamente o openjdk. Muito provavelmente você não é. Além disso, sim, você pode instalar o IcedTea mais tarde, se necessário.
man 8 update-alternatives
diz
automatic mode
When a link group is in automatic mode, the alternatives system
ensures that the links in the group point to the highest priority
alternative appropriate for the group.
manual mode
When a link group is in manual mode, the alternatives system will
not make any changes to the system administrator's settings.
Basicamente, no modo automático, a instalação de um novo pacote pode alterar o padrão. No modo manual, o que você escolher ficará.