Eu tinha uma placa gráfica AMD / Intel Hybrid com driver proprietário funcionando bem no Ubuntu 13.04 e tive vários problemas ao fazer o upgrade para 13.10 e finalmente consegui fazer isso há algumas semanas.
Eu não sei muito sobre a (s) causa (s) dos problemas de atualização (que eu nunca tive antes em anos com o Ubuntu) que experimentei e como eles desapareceram, pois tomei a precaução de desativar o driver proprietário da AMD e mudar para muito mais driver Intel sem problemas antes de atualizar em ambas as ocasiões.
Mas minha experiência mostra que é muito útil usar o Clonezilla para fazer o backup da partição do Ubuntu para que você sempre possa voltar no tempo no caso de um desastre ; -)