Eu compilei a versão recente do ffmpeg com o suporte para a codificação theora com libtheoa. Alguém sabe que versão do theora o ffmpeg vai usar?
É 1.1.1 ou 1.2.0 Alpha?
Eu compilei o ffmpeg e infelizmente não consegui encontrar a versão que o ffmpeg está usando e duvido que ele esteja usando a versão 1.2, mas eu encontrei um arquivo binário ffmpeg que está usando a versão alpha do theora 1.2 ffmpeg2theora 0.29
Se você mesmo tiver compilado (como você disse no comentário) usando --enable-libtheora durante a configuração, então será a mesma coisa que está atualmente instalada no seu computador. Você pode verificar isso executando
sudo apt-cache showpkg libtheora-dev