A versão sh
do eco não suporta opções.
Altere seu script para ser executado com o Bash da seguinte forma:
#!/bin/bash
screen -S Run -X stuff 'stop'"$(echo -ne '5')"
Como alternativa, basta colocar uma nova linha literal na string em vez de confiar em echo
:
#!/bin/sh
screen -S Run -X stuff 'stop
'