Tente alterar o servidor selecionando o gerenciador de atualização, as definições, o download e, em seguida, selecione um servidor mais próximo de você. e tente novamente.
Editar: veja este link sobre como adicioná-lo editando sources.list. Como posso obter apt para usar um espelho perto de mim, ou escolher um espelho mais rápido?