Uma opção, assumindo que a conta antiga desapareceu para sempre, é mudar a coisa toda para pertencer à sua própria conta. Obviamente, isso não pode ser feito a partir da GUI, pois você precisará ser root, mas você pode sempre emitir sudo chown -R your_username: /path/to/folder
. Omitir o: também funcionará, mas deixará o proprietário do grupo definido como antes - o que pode ser desejado, é claro.
A vantagem disso ao deletá-los diretamente do terminal é que os arquivos que permanecerem pertencerão ao seu usuário posteriormente.
A desvantagem, é claro, é que se algumas coisas são de propriedade de outro usuário, elas precisam mudar de volta.