Existem extensões de servidor X que permitem que um programa especifique onde uma janela criada deve ser desenhada. Eu não me lembro disso, mas como é parte das bibliotecas X (que são presumivelmente usadas direta ou indiretamente se o programa está criando janelas) elas devem ser fáceis de encontrar?
Se, por outro lado, este é um aplicativo de console que procura mudar a posição e / ou o tamanho do console virtual a partir do qual ele é lançado ... no meu entender, não há sistema para isso. É possível descobrir suas dimensões e terminar com uma mensagem se ela for muito pequena, mas o controle direto real não é possível. Isso ocorre porque um aplicativo de console pode ser executado em um console de texto simplificado sem o servidor X (GUI) em execução.
Tudo o que disse: eu acho que esta pergunta seria mais em casa no Stack Overflow do que no Ask Ubuntu?