Você precisa fazer algo assim:
$: LINUX_VERSION='uname -r' ./configure --with-linux=/usr/src/linux-headers-$LINUX_VERSION --with-linux-map=/boot/System.map-$LINUX_VERSION
Se outras partes forem necessárias, talvez seja necessário passar as opções para elas da mesma maneira, se elas forem para peças com versão.
A melhor solução para implementação automatizada, seria empacotá-lo como um pacote debian, que é instalado com dkms
para que o módulo do kernel seja automaticamente reconstruído quando novos kernels forem instalados no sistema. Você pode ver o pacote virtualbox-dkms
e outros pacotes semelhantes com -dkms
, para saber como fazer isso.