A única razão pela qual posso pensar que você usaria a versão de 32 bits do Ubuntu em um PC com um processador multi-core de 64 bits é se você tivesse menos de 4 GB de RAM. Mesmo assim, você ainda verá um melhor desempenho da CPU com a versão de 64 bits, apenas um uso de RAM menos eficiente.
Como você tem uma máquina projetada especificamente para executar um sistema operacional de 64 bits, você deve ir com isso. Atualmente, a maioria dos aplicativos é executada em máquinas de 64 bits. A menos que você tenha um aplicativo específico que você queira compilar e executar para o Linux de 32 bits, você deve ir para a versão de 64 bits.