Você pode criar um arquivo de área de trabalho próprio em /usr/share/applications ou ~/.local/share/applications . A maneira mais fácil é copiar um arquivo existente. Abra o arquivo com permissão de root no seu editor preferido (gedit / nano / ...) e adapte os campos.
Importante é a linha Exec . Aqui vai o comando a ser executado, onde %f representa o arquivo a ser aberto.