De um modo geral, se suas regras são sobre um único site (ou diretório), elas vão em .htaccess
(ou o arquivo de configuração do site em /etc/apache2/sites-enabled/
, se tiver um) e se forem sobre o servidor inteiro , eles vão mais alto na árvore de configuração global ...
Mas é realmente com você. Não fará muita diferença.