Abrir um terminal e executar os seguintes comandos reiniciará o painel:
gconftool --recursive-unset /apps/panel
rm -rf ~/.gconf/apps/panel
pkill gnome-panel
Fonte: link
No Ubuntu 13.10, depois de instalar o VirtualBox Guest Additions, meus ícones da barra de tarefas e do painel desapareceram e não retornaram após a reinicialização.