Eu mesmo encontrei a resposta com a ajuda da especificação freedesktop.org
Houve um gnome-applications.menu
em ~/.config/menus
e como a variável env XDG_MENU_PREFIX
foi definida como "gnome-"
a versão gnome trumped my applications.menu.
Renomear meu applications.menu
para gnome-applications.menu
resolveu o problema