A resposta curta é Yes , ele irá se livrar de todos os softwares, bons e ruins, se você limpar o disco rígido e fizer uma nova instalação do Ubuntu. E você não precisa baixar um novo arquivo .iso. Mesmo que o malware encontre o caminho para o MBR, ele será substituído. Isso se aplica se o software malicioso estiver no Windows, no Ubuntu ou em ambos.