Bem, essa é uma das maiores vantagens de usar um gerenciador de pacotes como o apt (ou yum ou pacman ou ....).
Se você não quiser usar um gerenciador de pacotes, a resolução de dependências depende de você, você o faz manualmente. Você pode começar lendo a documentação no código-fonte para gnome-shell
.
E você não economizará tempo como "Eu não precisarei fazer o download deles da próxima vez", na verdade, da próxima vez você terá que resolver manualmente todas as dependências e baixar todo e qualquer código-fonte atualizado para todos os dependências.
Você vai, IMO, ter muito mais sorte construindo a partir do código-fonte em uma distro alternativa, como o gentoo ou talvez o arch linux. emerge
será criado a partir da origem e resolverá dependências.
Alternativamente, você pode ver a documentação do LFS para gerenciamento de pacotes:
IMO, o mais parecido com o que você pode querer no Debian / Ubuntu é o get-build-deps:
link
Veja também: link