quando você diz "configurações modificadas", quer dizer que você adicionou alguns arquivos de configuração em /etc/somewhere
, ou que você compilou o pacote com opções diferentes?
Se o primeiro, então esses arquivos, se declarados como arquivos de configuração, não devem ser tocados durante a atualização, conforme a política do Debian: link .
Se este último, então, bem, sim, o apt-get está fazendo o que você está pedindo: é inteiramente atualizar o pacote (e todos os seus binários) com uma nova versão. Se você quiser excluir um pacote do processo de atualização (em vez disso, se quiser manter uma versão específica de um pacote, independentemente de uma versão atualizada estar disponível), será necessário "fixar" o pacote pacote. Veja mais sobre a fixação aqui: