Eles reaparecerão onde quer que você os salvou na reinicialização.
O recurso de unidade persistente salva as alterações no sistema de arquivos e as coloca no topo do sistema de arquivos somente leitura do LiveCD.
Editar: Esteja ciente de que você não pode abrir facilmente seus arquivos adicionados ou alterados de outro sistema. Você primeiro teria que salvá-los em um disco comum ou unidade USB. O que você já está inicializando o Ubuntu fará, se tiver espaço suficiente.
Aviso: eu deveria dizer, eu nunca tentei isso sozinho, apenas leia os documentos.