Você não pode atribuir espaços de trabalho separados para seus monitores com Unitiy e Compiz.
Uma solução que faz o truque para muitas pessoas é simplesmente usar a configuração Sempre no Espaço de Trabalho Visível que pode ser acessada clicando com o botão direito do mouse na barra superior de uma janela quando não estiver maximizada. Dessa forma, as janelas definidas para usar essa opção permanecerão em posição quando você alterar os espaços de trabalho.
Para espaços de trabalho separados e reais para seus monitores, você precisaria usar outro ambiente de área de trabalho e / ou gerenciador de janelas.