Normalmente, a Shotwell não modifica as fotos, mas as lojas adicionam meta-dados em seu próprio banco de dados: ~/.local/share/shotwell/data/photo.db[.bak]
.
Se a exclusão não remover os títulos, ela poderá estar atualizando as informações exif; a opção para fazer isso está localizada nas preferências, sob a primeira guia ( Collection ). Você pode dizer clicando com o botão direito do mouse em um dos arquivos em questão no Nautilius e lendo o conteúdo da aba da imagem.
Você pode querer ver uma ferramenta como jhead para remover as informações, se for o caso.