Teve uma situação parecida com o chrome, onde após a instalação de aplicativos da web chrome (gmail, gdocs etc), o launcher mostrava um segundo ícone do Chrome e ao usar o segundo ícone, chrome não mostrava ALT + TAB. Embora se iniciasse o cromo pelo ícone original, ele mostraria o ciclo através de aplicativos usando ALT + TAB
No entanto, minha correção foi desbloquear todos os ícones do Chrome Launcher, em seguida, iniciar o Chrome e bloquear o novo ícone para o lançador. Ícone duplicado não apareceu novamente
Experimente com o FF, pode também resolver o seu ícone duplicado.