É possível que seus downloads estejam indo para sua raiz ou até mesmo para sua inicialização. Execute o Bleachbit como usuário e root. Verifique tudo para limpar tudo. Deve liberar muito espaço para você. Quanto aos seus downloads, clique com o botão direito do mouse em um download e escolha abrir a pasta de download. Agora examine-o para ver onde ele está localizado, para que você saiba onde eles estão indo. Altere a pasta de downloads para onde você quer que ela esteja. Abra também o Synaptic, vá para Configurações e depois Preferências. Clique na guia Arquivos e marque Excluir pacotes baixados após a instalação. Isso limpará o cache de download e criará espaço para você.