Depois de ter baixado o arquivo inteiro, não há muito o que fazer para consertá-lo do que um novo download completo; exceto se você encontrar alguém oferecendo o arquivo em partes (não criptografadas, não arquivadas), juntamente com somas de hash separadas. Porque senão você nem saberia em qual parte do arquivo está o problema e, portanto, qual parte você ainda precisa novamente. Eu não sei de um programa que faz isso para downloads concluídos.
Portanto, sua melhor opção provavelmente é mudar para uma ferramenta de transmissão como o bittorrent, que faz a divisão em partes internamente e que também verifica somas de hash para cada um dos fragmentos separadamente. Para cada parte, ele verificará se foi transferido corretamente e fará novamente o download somente dessa parte, se não foi.No final, você terá o arquivo completo e correto, sem nenhuma intervenção manual necessária.