Seus bancos de dados serão perdidos se você reinstalar o Ubuntu.
Se você deseja ter um arquivo .sql que possa importar diretamente para qualquer sistema, execute o seguinte comando: mysqldump -u root -p --all-databases > ~/mysql-backup.sql
. Ele solicitará a senha do usuário root (administrativo) do MySQL e, em seguida, fará o dump de todos os dados SQL no arquivo em /home/USER/mysql-backup.sql
(onde USER é o usuário com o qual você efetuou login)
Esse arquivo, então, pode ser usado para restaurar todos os dados do banco de dados, portanto, baixe-o em algum lugar que não seja o seu servidor. Em seguida, faça o upload desse arquivo para o novo servidor em seu diretório pessoal, quando quiser restaurar os dados, faça: mysql -u root -p < ~/mysql-backup.sql
Isso restaurará todos os dados do banco de dados e seus arquivos.
Lembre-se de fazer backup dos dados do seu site se os bancos de dados fizerem parte de um site e também lembrar de fazer backup dos dados que você deseja manter (ou fazer download em um local do computador, mas não onde quer que você esteja reinstalando) também.