Uma opção possível é o Inkscape. Você pode importar sua imagem com Arquivo / Importar ... e, em seguida, adicionar seu texto com a ferramenta Texto. A orientação vertical está disponível através da lista suspensa na extremidade direita da barra de ferramentas (Orientação / Vertical).
Você pode, claro, adicionar furigana usando o mesmo método, diminuindo o texto e alinhando-o adequadamente. Pode ser um pouco tedioso para um monte de texto, então outra idéia que eu tive foi usar a formatação disponível no latex, construir um pdf e depois importar isso para o Inkscape. Aqui está um arquivo de exemplo:
\documentclass{article}
\usepackage{CJK, CJKvert}
\usepackage[CJK, overlap]{ruby}
\pagenumbering{gobble}
\begin{document}
\begin{CJK*}{UTF8}{min}
\CJKvert
\ruby{健全}{けんぜん}なる\ruby{魂}{たましい}は、
\ruby{健全}{けんぜん}なる\ruby{精神}{せいしん}と
\ruby{健全}{けんぜん}なる\ruby{肉体}{にくたい}に\ruby{宿}{やど}る。
\end{CJK*}
\end{document}
Isso pode ser construído em um pdf com pdflatex
, embora seja necessário pelo menos o pacote latex-cjk-japanese
. O pdf pode ser importado com Arquivo / Importar ... no Inkscape.