O procedimento de copiar e colar de um site inteiro pode funcionar, mas depende de várias coisas.
Um deles é o ambiente. Você precisa usar a mesma tecnologia. por exemplo. Se o seu sistema usar um banco de dados, você precisará do mesmo banco de dados e das mesmas credenciais para fazer o login com sucesso.
Também é muito possível que os links do seu site estejam apontando para locais diferentes depois de mover todo o projeto para um diretório diferente. Não apenas simples a
links, mas código JavaScript, arquivos CSS e muito mais. Esse comportamento depende do seu código.
Teoricamente, se você resolver esses problemas, não deverá ter problemas para mover o projeto copiando os arquivos.
Sobre sua menção ao problema de tentar fazer com que o arquivo index
funcione, você tem certeza de que o computador do laboratório tem um ambiente LAMP completamente funcional? É correto o conteúdo do arquivo /etc/hosts
?