Normalmente, se não houver uma boa razão, deve-se instalar apenas o software dos repositórios oficiais do Ubuntu.
Dito isto, o skype é um dos casos, que esta regra tem de ser quebrada, porque não está no repo * do verso oficial. Mas você tem sorte, porque o Skype é um dos poucos aplicativos proprietários disponíveis no repositório oficial do Google Partners. Para ativá-lo, abra as fontes de software e verifique o repositório de parceiros na guia de origens de terceiros. Em seguida, recarregue as informações do pacote (por exemplo, executando 'sudo apt-get update' em um terminal), e o Skype deve estar disponível no centro de software (ou qualquer outro frontend de gerenciador de pacotes como synaptic ou aptitude).