Você pode inicializar a partir do seu stick USB e fazer dd
nele, mas tenha cuidado para não apagar outras unidades.
Normalmente, o comando que faço é simples:
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdx bs=16M
NOTA: sdX deve ser a unidade que você está limpando. Eu só tenho um HD interno, então o nome é "sda", mas para unidades externas pode ser sdb, sdc etc.
Para minha unidade de 1TB, demora cerca de 3 horas e meia para limpá-lo com zeros.