Meu entendimento foi que a WUBI não funciona para a versão atual do ubntu 13.04. Veja aqui link
Se você gostaria de configurar uma verdadeira inicialização dupla do Ubuntu (você obtém melhor desempenho dessa forma porque o ubuntu roda em uma partição formatada para Linux) você deve procurar por ela link Mas basicamente a idéia é inicializar o instalador do ubuntu em um dvd ou drive flash e então escolher a opção de instalar junto com o windows durante a instalação do ubuntu.
Se você estiver executando o windows 8, então isso pode ser outro problema com o wubi (mas, novamente, você NÃO DEVE usar o wubi) veja O wubi para Windows 8? .