Tem mecanismo que acho superior. Você não usa palavras-chave, apenas define sites de pesquisa e elas aparecem como opções quando você digita na caixa do local.
Para configurar um, acesse o site que você deseja adicionar e faça uma pesquisa. Use um termo que você possa identificar facilmente mais tarde (como "dummy"). Marque o site como favorito e, se você tiver uma categoria chamada "Pesquisas rápidas", adicione-o a ela. Se não, crie uma categoria e adicione-a.
Por fim, edite o marcador substituindo "fictício" por "% s" (sem aspas) na consulta de pesquisa. Essa será a parte do URL após o "?". Pode haver muito lixo lá, mas você deve encontrar sua string de busca em algum lugar. Você também pode querer editar o título, já que muitos sites de pesquisa adicionam o termo ao título da página retornada.
UPDATE: O manual para o Epiphany não diz que os bookmarks precisam estar em qualquer categoria em particular, e que check out, apesar do manual obviamente estar um pouco desatualizado. (Por exemplo, na versão 3.6.1 não existe a opção "Mostrar na barra de ferramentas").