Suas janelas e o Ubuntu 12.04 já devem ser capazes de transferir arquivos entre si pela rede usando compartilhamentos samba / windows.
Nos navegadores de arquivos, pesquise na sua Rede de Navegação / Locais de Rede e veja se você pode encontrar cada um dos computadores. Se não, você pode digitar o endereço IP no local como \ 192.168 ... ou no Ubuntu digite smb: /// 192.168 ..... (pode ser necessário pressionar ctrl-L para mostrar o local que o bos deve digitar em o navegador de arquivos do Ubuntu)
Quanto ao seu roteador, sem mais informações sobre o que ele pode fazer ... realmente não pode ajudar, mas é possível que o roteador seja capaz de configurar os compartilhamentos do samba / windows. Isso pode ser o que você fez com o "configurar no Windows".
Espero que você esteja na direção certa.