Você menciona que o seu Windows 7 é bem novo. Alguns sistemas Windows 7 usaram o novo UEFI (mas não a inicialização segura) com o particionamento gpt, em que a maioria usava o particionamento do BIOS com MBR (msdos). Se você tiver o particionamento gpt, o wubi não será instalado corretamente. Grub4dos (que o wubi usa) não funciona com discos GPT (exigido pelo UEFI)
Se você tem uma partição efi, então você tem o particionamento gpt. Se você tiver apenas a partição de inicialização padrão do Windows de 100MB e a instalação principal com duas partições de recuperação, um Windows repara e o outro a imagem do fornecedor do seu sistema, então você tem o BIOS com o MBR.
Você precisa instalar o wubi de dentro do Windows.
Se tudo o que você deseja fazer é remover a entrada wubi no BCD, use o Windows bdcEdit para remover a entrada. Veja removendo manualmente no WubiGuide para mais informações.