Se eu entendi corretamente, você talvez esteja se referindo a várias entradas para o mesmo programa. Evince
seria um bom exemplo porque é comum em Lubuntu, Ubuntu e Xubuntu.
O que você pode fazer é entrar em /usr/share/applications
e procurar arquivos .desktop "comuns". Sudo
edite as linhas "Nome" para torná-las distintas, se desejar ou adicione NoDisplay=True
ao final de qualquer arquivo .desktop que você não queira ver como uma entrada.
Com base no seu comentário, parece que se você estiver usando o KDE (por exemplo, desde que você mencionou o Konqueror no comentário), você não quer ver o Firefox ou o Chromium nos menus do KDE.
Existem duas entradas possíveis que você pode adicionar ao arquivo .desktop relevante. Use:
NotShowIn=KDE;
para impedir que um aplicativo seja visto em um ambiente de área de trabalho específico, o KDE, neste caso.
Ou você pode seguir o outro caminho e adicionar
OnlyShowIn=XFCE;
ou
OnlyShowIn=Unity;
para restringir a visibilidade de um aplicativo a um ambiente de área de trabalho específico, XFCE ou Unity, por exemplo.
De qualquer forma, consulte o link para obter informações detalhadas.
Só para ficar claro, eu não sei de nenhuma maneira de fazer o que você quer automaticamente sem o incômodo do sudo de editar cada arquivo.