Parece que seu software de edição de vídeo está com problemas.
recordmydesktop não poderia ter causado isso porque o vídeo já foi feito, e estava tudo bem. A falha teve que ter acontecido mais tarde no seu fluxo de trabalho. Eu duvido handbrake teria feito isso, porque é apenas um humilde transcodificador (e parece que o vídeo sem falhas que vimos também tinha sido através do freio de mão). A falha teve que ser introduzida mais tarde, provavelmente pelo software de edição de vídeo. Tente ver isso.
Eu estava errado. Veja os comentários abaixo.