Como o MySql Workbench não se conectou a vários bancos de dados de uma só vez, eu encontrei o Tora, uma ferramenta de gerenciamento de banco de dados da Oracle. ( link ). Você pode obter instruções de compilação e um deb pré-compilado para 12.04 aqui: link .
Ele também está disponível nos repositórios oficiais do ubuntu (Software-Center).