Q1: Sim, o fglrx tem um desempenho 3d muito melhor. Algumas pessoas relatam pior desempenho 2d, no entanto.
Q2: A instalação em si não edita o xorg.conf. Eu recomendo fazer um backup de qualquer maneira. Se você executar aticonfig --inicial, o que pode ser necessário para configurar o fglrx após a instalação, ele fará o backup do xorg.conf atual e instalará um novo.
Q3: Simplesmente apt-get purge fglrx-updates. Em seguida, copie de volta o backup do xorg.conf, caso ele tenha sido substituído.