Se a ferramenta de particionamento não funcionar no instalador, então sim, você terá que fazer o particionamento manual.
Inicialize no Windows, desfazendo o disco rígido. Em seguida, redimensione a unidade C: do Windows, deixe o espaço restante como espaço livre.
Em seguida, inicialize o live CD do Ubuntu e instale o Ubuntu no espaço livre. Nesse ponto, o instalador deve fazer automaticamente as partições necessárias. Se não, faça uma partição swap do tamanho da sua RAM + 512 Mb. O resto seria para o Ubuntu root, também chamado /
Para detalhes e uma discussão extensa, veja:
Como instalo o Windows? 7 ao lado de uma instalação pré-existente do Ubuntu?