O Windows fará isso: Ele assume o seu único sistema operacional e sobrescreve o registro mestre de inicialização (MBR). Geralmente é mais fácil instalar o Windows primeiro. Felizmente não é difícil de corrigir. Dê uma olhada aqui
A maneira mais fácil é
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Insira seu CD do Ubuntu, reinicie o computador e configure-o para inicializar a partir do CD no BIOS e inicialize em uma sessão ao vivo. Você também pode usar um LiveUSB se tiver criado um no passado.
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Instale e execute Reparo de inicialização
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Clique em "Reparo recomendado".
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Agora reinicie seu sistema. O menu de inicialização usual do GRUB deve aparecer. Se isso não acontecer, segure a tecla Shift esquerda durante a inicialização. Você poderá escolher entre o Ubuntu e o Windows.