Eu tive o mesmo problema. Tentei um monte de coisas para consertá-lo, finalmente realmente fiz:
Fora do XBMC: - certificou-se de que meus níveis de volume do sistema pulseaudio / alsa padrão estavam na configuração "não amplificada". Isso não foi feito, mas distorcerá o som de outras formas
Dentro do XBMC: - Durante a reprodução do filme, suba o menu inferior e clique no alto-falante à direita. Isso levará você a uma página de configuração de áudio. Primeira opção é volume. É definido com o controle deslizante todo o caminho para a direita e, aparentemente, isso é 0db (não amplificado). Abaixei o volume para -3db (na maior parte, mas não exatamente) - os pops desapareceram.
Parece que o XBMC não tem certeza de onde está amplificando o som e causando o clipping (os pops). Abaixando um pouco ainda deixou bastante alto na TV, mas sem pops.