O arquivo debian/rules é o script que executa o processo de criação. Você pode dizer que o script de construção está em uma subpasta, passando --sourcedirectory=Build . Assim, a sua aparência pode parecer:
#!/usr/bin/make -f
%:
dh $@ --buildsystem=cmake --sourcedirectory=Build
Veja a página de manual do comando dh
para mais informações.