De acordo com o Padrão de hierarquia do sistema de arquivos do Unix, /opt e /usr/local devem ser usado da seguinte forma:
Então, responda às suas duas perguntas:
% bl0ck_qu0te% Empréstimo de esta resposta (que entra em mais detalhes do que eu poderia), /opt se destina para pacotes pré-construídos contendo binários pré-construídos que estão prontos para serem descompactados. Se você mesmo estiver compilando o Eclipse, /usr/local seria o lugar correto.
/usr/bin destina-se ao software fornecido pela sua distribuição. Se você está construindo o Eclipse sozinho, o prefixo de instalação deve ser definido como /usr/local .
Nota importante: em circunstâncias normais, tanto /usr/local como /opt são propriedade da raiz e não são graváveis pelo mundo. Se você não for o administrador do sistema, precisará instalá-los ou usar sua pasta pessoal.