O problema é quando você executa pela primeira vez a atualização do sistema, o gerenciador de software desinstala.
Para corrigir essa execução
sudo apt-get install gnome-packagekit
Acabei de instalar o Ubuntu GNOME Remix 12.10.1 e quando iniciei pela primeira vez, executei o gerenciador de software e depois fui ao atualizador de software para instalar as atualizações. Após a reinicialização, não consigo mais encontrar o gerenciador de software. Eu posso ver o atualizador quando procuro por software, mas não por gerente. Como posso recuperá-lo?
O problema é quando você executa pela primeira vez a atualização do sistema, o gerenciador de software desinstala.
Para corrigir essa execução
sudo apt-get install gnome-packagekit
Você deve conseguir que um gerenciador de atualização compatível com o gnome seja executado novamente instalando o gerenciador de atualização
sudo apt-get install update-manager