Você pode clicar na área de trabalho real em vez da pequena visualização e selecionar uma área para gravar.
Para isso abra recordmydesktop e clique com o botão direito do mouse no indicador de aplicação no canto superior direito da tela e clique em Selecione Área na Tela
ele irá criar uma sobreposição da tela atual, onde você pode selecionar uma área para gravar.
Clique com o botão esquerdo em qualquer lugar e arraste o mouse para selecionar a área e pronto. Gravações felizes (: