Acho que tudo que você precisa fazer é redefinir a associação para abrir pastas com o Nautilus.
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Abra o Nautilus, navegue até qualquer pasta e clique com o botão direito do mouse.
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Escolha Abrir com outro aplicativo
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Escolha os arquivos . Arquivos é o nome de exibição de
/usr/share/applications/nautilus-folder-handler.desktop