Quando você faz um upgrade de 10.04 para 12.04, tudo estava lá porque o SO acabou de ser atualizado. (partições não foram formatadas) Agora, no entanto, você está fazendo uma nova instalação, o que significa que sua partição é formatada. Isso significa que seus dados não estarão lá após a instalação. (a menos que você tenha uma partição / home separada, caso em que você pode selecioná-la e escolher a opção para não formatá-la e, em seguida, seus dados estarão lá).
Se você tiver apenas 1 partição, ou se sua pasta de início estiver na mesma partição que /, você a perderá como / terá que ser formatada durante a reinstalação. Portanto, certifique-se de fazer backup de toda a sua pasta / home.
Esta é a razão pela qual a maioria de nós escolhe ter uma partição separada para / home.