Você pode colocar o script real em um diretório e um link simbólico para ele no outro. Então você pode verificar $ 0 toda vez que o script for chamado, para ver qual versão foi invocada. Dessa forma, você manteria a conveniência de editar o script em um só lugar.
$ 0 é a variável, que contém todo o caminho para o próprio script quando é chamado. Você encontraria um "if-up" ou "if-down" como parte do caminho, e isso poderia ser interpretado como iniciar e parar.