O Ubuntu só conhece o sistema de pacotes. Não vai se integrar com o CTAN. Se você quer enganar o APT pensando que você tem versões do Ubuntu desses pacotes, você tem que fazer isso sozinho. E provavelmente não funcionará perfeitamente.
Você pode usar o pacote equivs
para criar facilmente um pacote que Provides
de todos esses pacotes. Isso deve funcionar.