Use pdftk
. De sua página man
:
Criptografar um PDF usando a força de 128 bits (o padrão) e reter todas as permissões (o padrão)
$ pdftk [mydoc].pdf output [mydoc.128].pdf owner_pw [foopass]
O mesmo que acima, exceto que uma senha é necessária para abrir o PDF
$ pdftk [mydoc].pdf output [mydoc.128].pdf owner_pw [foo] user_pw [baz]
O mesmo que acima, exceto se a impressão for permitida (depois que o PDF for aberto)
$ pdftk [mydoc].pdf output [mydoc.128].pdf owner_pw [foo] user_pw [baz] allow printing
pdftk
também tem muitos outros usos e vale a pena instalá-lo, caso se trabalhe bastante com arquivos PDF. Para citar o artigo no Synaptic: